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WGS杀入肿瘤检测!IDT/Twist:完了,冲我来的

2025-7-18 11:29| 编辑: 归去来兮| 查看: 113| 评论: 0|来源: 循因辑药

摘要: NGS探针圈传来噩耗曾经被认为是靶向测序舒适区的肿瘤检测改用WGS了...
2025年7月15日,NGS探针圈传来噩耗曾经被认为是靶向测序舒适区的肿瘤检测改用WGS了...
IDT/Twist,这你受得了吗?
事情是这样的。

#01

卷王
基因检测公司Inocras表示,自家的WGS-based(全基因组测序)癌症基因检测产品CancerVision已经推向市场,目前韩国10家医院已经可以开单了

Inocras成立于2020年,是一家位于美国San Diego和韩国的精准检测机构,香港也有分支。
对于韩国,我们肯定听过一句话:
“韩国人一生无法避免三件事:死亡税收和三星”

没错,Inocras的投资方就包括三星。
接下来我们看下产品。

#02

真行?


CancerVision就是一款基于WGS的肿瘤检测产品,覆盖深度40X(约120G)。
能够覆盖包括SNV、SV、CNV等等一切突变类型都能测,当然包括Intron区也能测。
算算TMB/MSI/RD,更是不在话下。
不过,这里面我关心的是这500个关键biomarker genes的500x平均深度怎么做到的
不会是用Illumina的TSO500做了个捕获吧?

在看这张图,Inocras表示自家的HRD检测更为精确。
用靶向测序,41%的阳性率;CancerVision的HRD阳性率是24%。
这...我要是药厂,我是不会让潜在客户去做这个的...丢了一半付费的这哪能行...
所以,真的是有点怀疑这个WGS-based肿瘤检测...要么脱了裤子...要么...

#03

产能爆发


个人认为,之所以会出现CancerVision这种产品主要原因还是测序产能的大爆发。
2024年10月31日,美国Inocras发布公告,表示公司基于Ultima UG100的WGS MRD产品MRDVision 上线。
所以CancerVision也很有可能使用Ultima UG100测序。
2025年2月24日,Ultima宣布自家的UG100升级了新的生化体系。
新的生化试剂在不更换机器的情况下再次压榨了其潜力,将产量再次推升。

根据其官方介绍,名为Solaris的生化试剂将产量提升了50%,从原来的6-8 billion reads提升到10-12 billion reads。
测序价格从1美元/Gb打到0.8美元/Gb,120G的CancerVision也就100美元。

#04

最后


WGS会成为取代靶向测序么?目前看来还有点距离。
主要我们考虑3个点:
第一,目标区域的覆盖深度;
CancerVision也要用靶向测序来补肿瘤相关基因,避免核心基因检出率不足。
你要是直接全部把基因组覆盖度拉到500X,那就需要1500G的测序数据哦。
第二,数据存储、分析开销;
150G的测序,得分析吧?
这分析不比你分析1.5G数据时间开销、CPU开销大?
对应的可不仅仅是原始数据,还有中间文件、最终文件,分析完了得存吧?这不得钱?
第三,测序成本。
是的,120G也许不是问题,1200G呢?
况且,120G要100美元,我12G只要10美元,他不香么?

相关资料:注1:https://www.businesswire.com/news/home/20250715278153/en/Inocras-Expands-WGS-Based-Cancer-Precision-Diagnostics-CancerVision-to-10-Hospitals注2:https://inocras.com/cancer-provider/

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